【バイオインフォマティクス】NGS解析支援サービスキャンペーン開催中
- 2024/04/17
キャンペーン
受託サービス
【バイオインフォマティクス】NGS解析支援サービスキャンペーン開催中
サービス内容
【WET】シングルセル遺伝子発現Flex
- 10x Genomics社 Chromium Single Cell Gene Expression Flexによるライブラリ調製
- Illumina社 NovaSeq6000による1.5億リード / サンプル のシーケンシング
- Cell Rangerによる発現定量
【DRY】バイオインフォマティクス解析
- 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
- 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot））
- サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析）
- 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化）
サービス内容
クオリティコントロール
クラスタリング
パスウェイ解析
擬似系譜解析
サンプル要件 / 注意事項
サンプルタイプ：固定分散済み細胞
（Chromium Next GEM Single Cell Fixed RNA Sample Preparation Kit 指定）
- 細胞数は106細胞以上であること。
- 固定分散済みの細胞をご提出ください。
- -80℃で保管していること。
- 固定分散は10x Genomics指定の手順に準じ実施していること。
- 生物種はヒトおよびマウスになります。
- FFPEの場合はサンプル要件等異なりますので別途ご相談ください。
- 凍結組織または凍結細胞のご提出で Flexを実施の場合は、固定・細胞分散費用として、30,000円/サンプルが発生します。またプローブを使用して RNAを検出するため、従来法より高感度ですが、配列情報の取得はできません。
価格表（税抜）
| 製品名 | 価格 | |
|---|---|---|
| ①シングルセル遺伝子発現 Flex WET&DRY |
4サンプル | 260万円 （65万円/サンプル） |
| 8サンプル | 500万円 （62.5万円/サンプル） |
|
| ②納品費 | クラウド納品 | 0.4万円/回 |
| HDD納品 | 4万円/台 | |
上記の解析に必要な費用は下記の合計金額（税抜）です。
合計金額 =①解析費用 (サンプル数×単価) + ②納品費
ご利用の流れ
- 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
- ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
- 中間報告会にて、途中結果の報告および解析方針の確認、内容についてのディスカッションを行います。
- 最終報告会にて、結果の報告および内容について、ご報告します。
サービス内容
【WET】空間的遺伝子発現解析
- Stereo-seq™ 技術（STOmics®）を用いた空間座標バーコーディングと遺伝子発現測定
- MGI社 DNBSEQ-G400、またはT7によるシーケンシング（10-15M paired-end reads/検体）
【DRY】バイオインフォマティクス解析
- 解析レポート、中間報告および最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
- 発現定量解析（クオリティコントロール、正規化、データ統合、次元削減、クラスタリングおよびUMAP上の可視化・空間座標上の可視化、クラスタごとの特徴遺伝子の探索、着目遺伝子の発現量可視化（Feature plot, Violin plot）
- サンプル間比較解析（各クラスタにおけるサンプル間発現比較解析、Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析）
- 擬似系譜解析（Cell trajectoryの推定、Pseudotime の推定、着目遺伝子の発現パターン可視化）
データ解析内容
クオリティコントロール
クラスタリング
発現量可視化
パスウェイ解析
サンプル要件 / 注意事項
サンプルタイプ：OCT凍結包埋新鮮組織
- 生物種：ヒト、マウス（それ以外は要相談）
- 組織溶解条件の確認
- 凍結切片 (厚さ10μm) の作成と専用チップChip Pへのマウント
- 別途切片3~5枚程度を凍結保管（RNA抽出して品質を確認
- 転写物解析用の実験
- 凍結切片 ( 厚さ10μm) の作成と専用チップChip Tへのマウント
価格表（税抜）
| 製品名 | 価格 | |
|---|---|---|
| 空間的 遺伝子発現解析 （Stereo-seq™） WET＆DRY |
1サンプル | 196万円 |
| 2サンプル | 340万円 （170万円/サンプル） |
|
| 3サンプル | 498万円 （166万円/サンプル） |
|
| 4サンプル | 580万円 （145万円/サンプル） |
|
※諸経費込みの総額費用
ご利用の流れ
- 研究目的、サンプル情報をヒアリングし、お見積りを作成します。
- ご発注後、サンプルを準備いただき、シーケンスを行います。
- 中間報告会にて、途中結果の報告および解析方針の確認、内容についてのディスカッションを行います。
- 最終報告会にて、結果の報告および内容について、ご報告します。
データ解析内容
- 解析レポート、最終報告（手法解説、結果解釈のディスカッション）
- 発現定量解析：マッピング、発現定量、階層的クラスタリング (ヒートマップ描画)、主成分分析
- 二群間の発現量比較解析：Volcano plot
※サンプル数によって対応可能な組み合わせ数が異なります。統計的には6サンプル以上が必要です。 - エンリッチメント解析：Gene Ontology解析、Reactomeパスウェイ解析
階層的クラスタリング
Volcano Plot
Gene Ontology解析
パスウェイ解析
受入れデータ・納品物
受入れデータ形式
- FASTQファイル
納品物
- 解析結果の最終レポート（PDF）
- データ解析結果（PDF、Excel など）
価格表（税抜）
| 製品名 | 単価 | |
|---|---|---|
| RNA-seq データ解析 | 6~19サンプル | 2.8万円/サンプル |
| 20サンプル以上 | 2.5万円/サンプル | |
基本的なデータ解析に必要な費用は上記表（税抜）の通りになり、それ以外の費用はかかりません（クラウド納品になります）。
この春、新しい研究テーマに取り組むみなさまのバイオインフォマティクス技術習得を支援するため「新年度トレーニングキャンペーン」を実施いたします。解析サーバで解析を行うためのITインフラ領域の基礎科目と、実践的な課題解決の技術習得を目的とした応用科目を特別価格でご受講いただけます。
基礎 1科目 4.0万円/名（税抜）
応用 1科目 6.8万円/名（税抜）
※アカデミア限定、３名様でご受講の場合
特徴と対象科目
- データ解析を始めたいが、何から学べば良いかわからない
▶初心者の方でも体系的に学べるオンライントレーニングです - ゴールドスタンダードな解析手法を効率良く習得したい
▶弊社サーバーで実際にコマンドを入力しながら実習するので実践的なスキルが身につきます - バイオインフォマティクスに関する質問相手がいない
▶解析経験が豊富な講師にご質問いただけますので、実践的な知識を学ぶことができます
おすすめの科目構成
RNA-seqを始めたい
基礎科目：Linux入門、R入門
応用科目：RNA-seq
GWASを始めたい
基礎科目：Linux入門
応用科目：ゲノムワイド関連解析（GWAS）
※R入門、シングルセルRNA-seq、がん変異解析は本キャンペーンの対象外です。
- 対象期間
- 2024年4月1日(月)～6月28日(金) ご発注まで
- キャンペーン割引対象
- Linux入門50％OFF、上記記載の応用科目20～10％OFF（受講人数に応じて）
- 実施形式
- オンライン
- 注意事項
- 訪問トレーニング、概論セミナーは対象外。プログラミング領域は対象外
